柯克船长(克里斯·派恩饰)带领企业号继续踏上宇宙探索的旅程,他向老骨头(卡尔·厄本饰)讲述了自己对于船长身份的忧虑,而在他与最好的朋友史波克(扎克瑞·昆图饰)互诉衷肠前,他们又接到了一个紧急救援的任务。而神秘敌人剋劳(伊德瑞斯·艾尔巴饰)开始攻击企业号,而幸存的企业号成员也分散至一个行星上求生。